Depois de superarem os perigos mortais do Labirinto, Thomas e seus amigos acreditam que estão a salvo em uma nova realidade. Mas a aparente tranquilidade é interrompida quando são acordados no meio da noite por gritos lancinantes de criaturas disformes - os Cranks - que ameaçam devorá-los vivos. Atordoados, os Clareanos descobrem que a salvação aparente na verdade pode ser outra armadilha, ainda pior que a Clareira e o Labirinto. E que as coisas não são o que aparentam. Para sobreviver nesse mundo hostil, eles terão de fazer uma travessia repleta de provas cruéis em um meio ambiente devastado, sem água, comida ou abrigo. Calor causticante durante o dia, rajadas de vento gélido à noite, desolação e um ar irrespirável - no Deserto do novo mundo até mesmo a chuva é a promessa de uma morte agonizante. Eles, porém, não estão sozinhos - cada passo é espreitado por criaturas famintas e violentas, que atacam sem avisar.